Pour cette saison 2015-2016, Willy Sagnol attaque son deuxième exercice aux Girondins. Lors de l’intersaison, l’emblématique Marc Planus stoppe sa carrière et met fin à son règne en Gironde. Mariano file lui à Séville, Émiliano Sala est transféré à Nantes pour une somme d’ 1M€ mais assortie d’une clause de 50% sur la prochaine revente du joueur. Une poignée de joueurs est laissée en fin de contrat comme Azbe Jug, Rodrigo Castro, Clément Badin ou encore Julien Faubert. Le flop Thiago Illori retourne Liverpool et Théo Pellenard et Younès Kaabouni sont prêtés au Paris FC et au Red Star.
Du côté des arrivées, le FCGB ne réalise pas de folie pour ce mercato estival 2015-2016 : seul Pablo débarque du Brésil pour une somme avoisinant les 2M€ et Milan Gajic est lui recruté pour 800.000€. Les espoirs de la saison sont Frédéric Guilbert, Jérôme Prior ou encore Adam Ounas qui signent leurs premiers contrat professionnel dans cette saison.
Les débuts seront poussifs pour Sagnol et sa bande à l’image de la qualification pour les phases de poule d’Europa League obtenue suite à un but d’Enzo Crivelli à Almaty synonyme de qualification malgré une défaite 2-1 un soir de 25 août 2015.
En championnat, Bordeaux démarre par un étonnant revers face à Reims, sa première défaite dans son nouveau stade Matmut Atlantique. La moitié de saison sera difficile des résultats moyens et deux grosses défaites à Nice (1-6, J7) et à Caen (1-4, J15).
En coupes nationales, les Girondins chutent face à Nantes avec un épisode déplorable Sané-Prior qui vaudra des remous au Haillan. Côté Coupe de la Ligue, les marine et blanc se hissent jusqu’en demi-finale mais sont stoppées par une cinglante défaite face au LOSC : 1-5. Même son de cloche sur le plan européen où les Girondins terminent 4ème dans leur groupe derrière le Rubin Kazan, le FC Sion et Liverpool.
Des ajustements sont alors opérés au mercato hivernal : Paul Bernardoni débarque de Troyes pour remplacer Cédric Carrasso victime d’une rupture des ligaments croisés ; l’expérimenté Mathieu Debuchy est prêté par Arsenal en vue de l’Euro 2016, Mauro Arambarri et un certain Malcom arrivent en provenance d’ Amérique du Sud. L’ailier brésilien remplace Wahbki Khazri, bien vendu à Sunderland (12M€) ; Henri Saivet repositionné par Willy Sagnol au poste de milieu relayeur, rallie l’Angleterre et Newcastle et Gaëtan Laborde est lui prêté à Clermont pour parfaire ses gammes.
Si Malcom émerge petit à petit, les Girondins ne parviendront à redresser la barre en Championnat. Pire, de nouveaux revers conséquents sont concédés : contre Lyon 0-3, Saint-Étienne (1-4), Reims (1-4) et enfin Toulouse (0-4), match fatal pour Willy Sagnol qui sera alors limogé par le FCGB.
Les rênes de l’équipe seront alors confiées à Ulrich Ramé pour les derniers matchs de la saison avec un seul objectif : atteindre le maintien. L’ancien gardien des Girondins de Bordeaux prendra ses premières marques avec le groupe pro et parviendra au résultat attendu à quelques journées de la fin (à Troyes, J36).